Aktuality

Najvýznamnejšie publikované výsledky VÚ, BMC SAV za rok 2015

Stresové podmienky môžu negatívne ovplyvniť rast rastlín, čo spôsobuje značné straty výnosov na poliach. Aby sa zmiernili škodlivé účinky týchto nepriaznivých podmienok prostredia, rastliny si vyvinuli rôzne adaptívne mechanizmy na bunkovej a metabolické úrovni. Väčšina z týchto stratégií zahŕňa dynamické zmeny v množstve proteínov, ktoré môžu byť najlepšie preskúmané pomocou proteomiky. Náš tím použil konvenčný proteomický prístup založený na dvojrozmernej gélovej elektroforéze (2-GE) na:

Vysvetlenie vírusovej rezistencie cukety: Infekcia vírusom žltej mozaiky cukety (ZYMV) u čiastočne rezistentnej odrody rýchlo aktivovala proteíny redox homeostázy sprevádzané nižšou úrovňou peroxidu vodíka; na druhej strane antioxidačné enzýmy boli prítomné vo väčšom množstve u citlivej odrody v neskoršej fáze po infekcii.

Objasnenie úspešného rastu ľanu v okolí Černobyľu: Pomocou striktnej štatistiky sme odhalili 8 odlišných proteínových profilov a identifikovali N-koncové fragmenty multifunkčných proteínov z rodiny „cupin“, ktoré pravdepodobne prispievajú k úspešnému rastu ľanu v prostredí kontaminovanom rádioaktivitou.

Detekciu alergénov v zrnách pšenice: Náš tím odhalil niekoľko klinicky významným proteínom, ktoré sú spojené s celiakiou, anafylaxiou vyvolanou fyzickou záťažou, astmou a alergiou na potraviny.

stress proteomika

Nováková et al. Partially resistant Cucurbita pepo showed late onset of the Zucchini yellow mosaic virus infection due to rapid activation of defense mechanisms as compared to susceptible cultivar. Front Plant Sci. 2015 Apr 28;6:263.

Gábrišová et al. Do cupins have a function beyond being seed storage proteins? Front Plant Sci. 2016 Jan 13;6:1215.

Fekecsová et al. Using 7 cm immobilized pH gradient strips to determine levels of clinically relevant proteins in wheat grain extracts. Front Plant Sci. 2015 Jun 12;6:433.

V spolupráci s HPL laboratóriom sme sa venovali imunodiagnostike humánnej toxokarózy. V diagnostike toxokarózy zatiaľ neexistuje žiadna metóda, ktorá by s určitosťou potvrdila či ide o recentnú alebo chronickúinfekciu. Zistili sme 15,3% séroprevalenciu toxokarózy v Slovenskej populácii. IgG protilátky s nízkou aviditou boli často detegované u eozinofilných pacientov, podstatne vyššia eozinofília bola zistená u detí v porovnaní s dospelými a pozorovali sme miernu koreláciu medzi počtom eozinofilov a indexom avidity IgG protilátok. Dôkaz nízkoavidných IgG protilátok môže byť užitočný pre determináciu akútnej toxokarózy, avšak tento test musí byť vyhodnotený v korelácii s ďalšími imunologickými markermi, anamnestickými a epidemiologickými údajmi vyšetrovaných pacientov.

Aplikáciou sekvenácie novej generácie (NGS) sme po prvýkrát v strednej Európe na viniči zistili prítomnosť nedávno popísaného vírusu viniča Syrah-1 (GSyV-1) a následne potvrdili jeho značnú vnútrodruhovú molekulárnu heterogenitu. Na základe určených kompletných a parciálnych sekvencií genómu GSyV-1 izolátov sme vyvinuli spoľahlivú a špecifickú RT-PCR detekciu, ktorou sme prekvapivo zistili častý výskyt tohto doteraz prehliadaného patogénu vo výsadbách na Slovensku.

Myší gamaherpesvírus 68 je prirodzený patogén myšovitých hlodavcov, ktoré sú hostiteľmi kliešťov, prenášačov patogénov, ktoré spôsobujú ochorenia ľudí a zvierat. Pomocou PCR sme vírus identifikovali u 25.9% samčekov a 44.9% samičiek kliešťa Dermacentor reticulatus na území Slovenska (Gabčíkove a Vojke). Explantáciou slinných žliaz kliešťov sme ako prví dokázali, že herpetický vírus sa množí v cicavčích bunkách, a teda že je živý. Vyvinuté metódy je možné aplikovať pri štúdiu prenosu vírusu z hlodavcov na ľudí prostredníctvom kliešťov.

tick diagnostics

Boldiš et al. Immunodiagnostic approaches for the detection of human toxocarosis. Exp Parasitol. 2015 Dec;159:252-8.

Glasa et al. Detection and molecular characterisation of Grapevine Syrah virus-1 isolates from Central Europe. Virus Genes. 2015 Aug;51(1):112-21.

Kúdelová et al. Detection of Murine herpesvirus 68 (MHV-68) in Dermacentor reticulatus ticks. Microb Ecol. 2015 Oct;70(3):785-94.

V rámci rozsiahlej medzinárodnej spolupráci s viacerými partnermi v Nemecku, Rusku a viacerých afrických krajinách sme sa podieľali na objavoch a charakterizácii nových hantavírusov a arenavírusov. Retrospektívna analýza pacientov s hemoragickou horúčkou s renálnym syndrómom z oblasti pobrežia Čierneho mora v Rusku umožnila prvú komplexnú klinickú analýzu nami prednedávnom popísaného hantavírusu Sochi a ukázala jeho život-ohrozujúci potenciál, kedy až 14.5% rozpoznaných prípadov bolo smrteľných. V tej istej oblasti sme tiež popísali nový hantavírus prenášaný hrabošmi druhu Microtus majori, ktorého genetická analýza ukázala, že ide o nový genotyp Tula vírusu, popísaného aj na Slovensku. V rámci našich aktivít zameraných na Afriku sme sa podieľali na genetickej charakterizácii nových arenavírusov, identifikovaných v hlodavcoch v Namíbii.

international collaboration

Kruger et al. Life-threatening Sochi virus infections, Russia. Emerg Infect Dis. 2015 Dec;21(12):2204-8.

Tkachenko et al. Adler hantavirus, a new genetic variant of Tula virus identified in Major's pine voles (Microtus majori) sampled in southern European Russia. Infect Genet Evol. 2015 Jan;29:156-63.

Witkowski et al. Novel arenavirus isolates from Namaqua Rock Mice, Namibia, Southern Africa. Emerg Infect Dis. 2015 Jul;21(7):1213-6.

Ponuka pre aplikačnú sféru:

Stanovenie pôvodcov boreliózy a rickettsióz z vybratého kliešťa. Analýza kliešťa zistí či bol kliešť prenášačom závažných ochorení akými sú Lymská borelióza a rickettsióza. Ak je kliešť prenášačom niektorej z infekcií, táto informácia je dôležitá pre Vášho lekára. Pre zistenie prítomnosti ďalších kliešťami prenášaných patogénov (vírus kliešťovej encefalitídy, Anaplasma phagocytophilum alebo babézií) použite rozšírenú objednávku.

Objednávka analýzy

Rozšírena objednávka analýzy